CEA
48.7887288,2.2762109
L'objectif de ce stage ingénieur sera de mettre en place un protocole complet de traitement d'image afin d'étudier des séquences vidéo de microscopie optique de fluorescence acquises dans le cadre de l'étude in vitro de cultures cellulaires modèles de tumeurs (fibroblastomes, tumeurs NF1). La finalité de cette étude serait de mieux comprendre comment interagissent les différents types cellulaires mis en présence, que ce soit dans une configuration saine ou pathologique.
Pour cela, plusieurs logiciels de référence dans ce domaine seront testés pour mettre en place un protocole complet de traitement allant de la gestion des formats vidéo (entrées / sorties -import vidéo, export d'images), le prétraitement de séquences (corrections de mouvements, stabilisation, correction de biais, etc.) jusqu'à l'analyse cellulaire par des méthodes de segmentation par apprentissage profond -deep learning- (segmentation cellulaire, suivi temporel, etc.) :
Fiji : https://fiji.sc/
Icy (Institut Pasteur)...
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Votre profil
Vous êtes actuellement en école d'ingénieur.
Compétences techniques et comportementales
Au cours de ce stage, vous serez amené.e à interagir principalement avec l'équipe de traitement de l'image de MIRCen (informaticiens, méthodologistes en traitement de l'image, etc.) et les neurobiologistes de la plateforme d'histologie.
Connaissances et compétences souhaitées :
Connaissance des environnements Linux et Windows,
Maîtrise de la programmation dans les langages C, C++ et Python ;
Connaissances dans le domaine de la parallélisation et du calcul haute performance (CPU/GPU).
Connaissances générales des techniques de traitement de l'image (segmentation, machine learning - deep learning), de traitement de vidéo et d'un outil de gestion de sources (github)
Savoir utiliser les suites bureautiques standards (Open Office, Office).
Vous bénéficierez pour réaliser ces développements des savoirs faire, de l'encadrement des équipes du CEA et de l'infrastructure informatique existante...
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